喜欢游戏的人大部分都是浪漫主义者，他们宁愿认为这个世界上还存在着许多的不为人知的事情，因为存在着未知就为幻想找到了一个起点。事实上，也的确如此，我们了解海底的程度还比不上了解月球，而当我们连一台能真正完美的吸干净墙角的灰尘的吸尘器都还没制造出来的时候我们却又开始计划把人类送上火星了，人类就是这么急于了解下一个未知的事物。
    The X Files，传言中的美国联邦调查局和美国军方高层们所控制的一个调查立案，其内容主要围绕存在于这个世界上却又无法解释的各种令人恐慌的案例，其中最大的重点来自于著名的美国第51秘密军事禁区和在这里秘密进行的有关地外生物的研究。当然，除此之外还包括如下令当局不敢公之于众的种种：在人类的进化过程当中产生的突变变种；在自然界中存在的令人费解的现象；巫师的秘密结社的存在；地球上从未被人了解过的未知生命；美国政府在全国范围内秘密进行的基因实验；灵魂存在的证据等等，当然，这都比不上另一件更骇人听闻的事实，那就是这一切实际上都被军方的高层把持着，不对公众泄露，让这些令人类感到无助和渺小的事实永远不见天日。
    在我们越看越好看的FBI女探员史考莉的帮助下，她的搭档福克斯·莫德——原犯罪心理学专家和UFO爱好者，现为联邦调查局探员——在一步步的接近这些事实的真相。
    在莫德的童年，他的妹妹曾在一个晚上被离奇的绑架，再也没有下落，他一直怀疑这是一起UFO劫持案，为了找到他的妹妹，也为了查明真相，他加入了调查局开始用他天才的想象力和对传统意义上的科学的怀疑甚至颠覆来解释每一个他所遇到的不可思议的案例，于是他被选入了调查局内部的特殊部门：The X Files调查小组，这个组只有两个人，他和史考莉。
    史考莉是一名年轻的法医，但她在她的医学学术领域却是一名专家，因此她不象莫德那样爱好想象，她是一个彻底的科学唯物主义者，只相信事实和证据。正因为如此，FBI的高层内部才把她派去和莫德搭档，因为事实上，这些高层们正是想用她来阻止莫德向未知的真相前进。但是，在经历了越来越多的离奇事件后，连史考莉这样的科学家也开始怀疑现有的科学是否能解释一切，甚至这些科学教条是否真的正确，她发现她自己越来越觉得莫德的想法才是正确的。而FBI幕后*纵者们也注意到了这一点，他们派人想去除掉她，同时也给莫德一个警告，但行动中却出了错，史考莉的妹妹被误杀，史考莉也因此更坚定的站到了莫德一边，想要找出真相。
    而FBI的幕后控制者们的日子也不好过，他们为了权利斗争和冷战思维付出了代价，他们制造的各种骇人听闻的实验和丑闻如果被暴光，那将对现有的社会局面造成难以想象的动荡。他们中的一个极左者，外号抽香烟的男人——因为他似乎永远在抽着万宝路，一直在观察着莫德的行动，并想尽办法让莫德的调查难以进行下去。然而连莫德也不知道，这个抽香烟的男人就是莫德的父亲当年做探员时的搭档。就是这个抽香烟的人和他父亲，在那个冷战的白热化的年代里从事着极端秘密的工作，试图从超文明中找到能协助美国的超科技。而另一个也许只有抽香烟的男人自己知道的秘密就是，美国人永远难以忘记的，几乎就是冷战时代的代名词的两起暗杀：肯尼迪总统遇刺，以及黑人领袖马丁·路德金被暗杀，都是由他自己亲手开枪射杀的，而事后被抓的所谓凶手，只是替罪羊而已，因此这两起案例都留下了无数被人指出的疑点，但是美国军方的高层们本身就是这两起事件的策划者，所以这些疑问还是被压了下去。而他们这些策划者和行凶者，只是为了保护他们所认为正确的极左政策的实施。
    以上这些，就是围绕着美国冷战政策的一系列黑幕和秘闻，在FBI的内部，永远有一个极秘的调查立案，它由军方控制，连美国总统也不知道它的具体内容，那就是，X档案……