迄今为止……

有一个被统治的星球，但是那里没有牺牲品、没有独裁者、没有统治者、没有烈士。S eeD，一个组织机构在那个世界成立，他们与军事无关但是创造和平。SeeD的成员都很特殊，掌握着疯狂的、不可思议的力量。为了加入SeeD，必须在Balamb Garden里努力学习而且通过毕业考。

一个十几岁的青年幻想着能加入SeeD。现在，这个世界的命运就掌握在他的手里了。< br>
一个强大的魔女，只有在神话种才会出现的人物已经苏醒，他威胁着这个星球上凡是有生命的地方的和平。她那恶毒而又强大的魔法令人生畏，但是她的存在已经得到了崇拜和赞扬。

当史克尔（Squell）加入SeeD的那天，他出席了一个欢迎新成员的晚会，在他遇到莉诺雅（Rinoa）时，虽然他们各自都没有在晚会上表现出自己的身份，但当时克尔在此遇到莉诺雅后，才知道他原来是反政府组织的首领！

反政府组织在战役上并不是给人以深刻的印象，尽管有SeeD的帮助。所有的反政府组织成员都看起来似乎是与他们的行动毫无关联。

见过莉诺雅之后，史克尔做了一个很奇怪的梦…………

期间，Galbaldia邻近国家发生悲剧，他们在世界另一面公然发动战争。Galbaldia的总统甚至支持魔女！因为怀疑魔女与那里的战争有关系，所以，史克尔被派去暗杀魔女。

但实际上，事情并不是这么的简单，史克尔的长敌，席法尔（Seifer）竟然辅佐与魔女左右！席法尔有两个忠诚的保镖：风神（Fuujin）、雷神（Raijin）也使史克尔的任务变得复杂。