《超级机器人大战 特勤指挥官 The 2nd》依旧是指挥真实比例机体作战的SLG游戏。本作比前作进化之处在于，每场战斗能够参战的机体为最多8台(前作最多5台)，机体无论是在战斗时、移动时都可以自由的进行变形(前作无法变形)。

　　本作的登场作品有《超兽机神ダンクーガ》、《圣战士ダンバイン》、《机动战士Z敢达》、《机动战士敢达 逆袭的夏亚》、《新机动战纪W Endless Walts 》、《机动战士敢达 SEED DESTINY》、《マジンガーZ》、《グレートマジンガー》、《ゲッタートボG 》、《超电磁机器人 コン・バトラーV》、《勇者ライディーン》、《超时空要塞剧场版愛・おぼえていますか》、《超时空要塞 零》、 《神魂合体 ゴーダンナー!!》、《ラーゼフォン》。其中《机动战士敢达 SEED DESTINY》、《超时空要塞剧场版愛・おぼえていますか》、《超时空要塞 零》、三款作品首次参战《超级机器人大战》系列。